El Shiatsu hunde sus raíces en el masaje de Anma, masaje de origen chino que luego pasa al Japón alcanzando gran popularidad entre 1600 y 1876. Luego de la apertura del Japón a occidente (segunda mitad del siglo XIX), el masaje de Anma fue siendo reemplazado por el masaje occidental. De esta manera en la época del gobierno de Meiji (1867-1911) el Japón comienza a recibir influencias extranjeras y es así como la medicina antigua fue reemplazada por la medicina occidental. En 1901 el Parlamento Japonés sanciona leyes que regulaban estas actividades permitiéndose ejercer sólo a los poseedores de títulos oficiales.
Durante este período ingresan al Japón numerosas técnicas europeas, como por ejemplo la osteopatía, que influyeron notablemente en la formación de lo que es hoy el Shiatsu. Hacia 1930 había entonces más de 300 técnicas que se crearon en forma clandestina, y por este motivo el gobierno japonés tuvo que volver a reglamentar estas prácticas. El Shiatsu era una de estas técnicas que fue adquiriendo cada vez más importancia y destacándose sobre las demás. En 1945, despues de la segunda guerra mundial, el Shiatsu fue la única de todas estas terapias reconocidas oficialmente junto con la acupuntura y el Anma. En 1955 el Shiatsu comienza a difundirse en Europa.