La sesión comienza con un breve cuestionario acerca de las afecciones que aquejan a la persona en el momento de la consulta así como una descripción de su historia personal.
Luego se sientan terapeuta y paciente en el futún o colchoneta tomándose ambos unos instantes para serenarse y respirar momento en el cual el terapeuta realiza una lectura de la espalda del paciente para observar la distribución de energía y decidir así sobre que meridianos va a trabajar en esta sesión de acuerdo a lo que vio, sintió, palpo y/o percibió y haciendo una correlación de lo que el paciente contó en su historia personal.
Luego se desarrolla el masaje en las cuatro posiciones básicas : sentado, de ambos costados, boca abajo y boca arriba, siendo su duración aproximada de una hora. El masaje se cierra efectuando algunos estiramientos en distintas posiciones.
El Shiatsu se efectúa totalmente vestido, con ropas cómodas y el ambiente debe estar templado. Se puede acompañar con una música agradable y suave que facilite la relajación y entrega del paciente.
Una vez finalizada la sesión es aconsejable que la persona que recibi el masaje no se incorpore rápido, sino que repose unos minutos, con los ojos cerrados luego de los cuales lentamente abrir los ojos y luego comenzará a moverse pausadamente para retornar a la actividad.
Los efectos podrán percibirse a las pocas horas o al otro día, aunque inmediatamente se percibe una relajación con sensación de bienestar.
Algunas personas pueden sentirse inmediatamente cansadas por efecto de la relajación y del cese de tensiones musculares que acorazaba al cuerpo. Pero luego esta sensación cede para dar paso a una mayor vitalidad.
El zen shiatsu produce con el tiempo una sensibilización del cuerpo y una adquisición de conciencia mas profunda sobre nuestros procesos físico-emocionales y energéticos, por este motivo y como en cualquier disciplina, es conveniente tomar sesiones con cierta periodicidad.